Jednostki organizacyjne Instytutu Archeologii UMK w Toruniu
- Starszej i Środkowej Epoki Kamienia
- Młodszej Epoki Kamienia
- Epoki Brązu i Żelaza
- Archeologii Antycznej
- Archeologii Wczesnego Średniowiecza
- Archeologii Późnego Średniowiecza i Nowożytności
- Archeologii Architektury
- Archeologii Podwodnej
pięć pracowni:
- Rekonstrukcji Środowiska Przyrodniczego
- Traseologii
- Dokumentacji i Konserwacji
- Metod Komputerowych
- Naukowo-Techniczna
oraz Gabinet Zabytków i Dział Zbiorów.